lunes, 8 de diciembre de 2014

Calificaciones (casi) finales

https://www.dropbox.com/s/hdo2i6ktqqayyuh/Evoluci%C3%B3n%20I%205724.xls?dl=0


Por favor revisen sus calificaciones. Por cada tarea entregada subimos un 0.25.
Si entregaron más tareas o si su calificación de exámenes no es la correcta, por favor mándenos un correo. También por si quieren hacer todavía alguna reposición. Si no tienen tareas apuntadas, pero tienen 10, por favor no nos escriban.


martes, 21 de octubre de 2014

Lectura (recreativa) para el tema de filogenias

El Idioma Analítico de John Wilkins
(fragmentos del texto de Jorge Luis Borges en Otras inquisiciones)

He comprobado que la decimocuarta edición de la Enciclopaedia Britannica suprime el artículo sobre John Wilkins. Esa omisión es justa, si recordamos la trivialidad del artículo (veinte renglones de meras circunstancias biográficas: Wilkins nació en 1614 Wilkins murió en 1672, Wilkins fue capellán de Carlos Luis principe palatino; Wilkins fue nombrado rector de uno de los colegios de Oxford, Wilkins fue el primer secretario de la Real Sociedad de Londres, etc.); es culpable, si consideramos la obra especulativa de Wilkins. Este abundo en felices curiosidades: le interesaron la teología, la criptografía, la música, la fabricación de colmenas transparentes, el curso de un planeta invisible, la posibilidad de un viaje a la luna, la posibilidad y los principios de un lenguaje mundial.
Todos, alguna vez, hemos padecido esos debates inapelables en que una dama, con acopio de interjecciones y de anacolutos, jura que la palabra luna es más (o menos) expresiva que la palabra moon. Fuera de la evidente observación de que el monosílabo moon es tal vez mas apto para representar un objeto muy simple que la palabra bisilábica luna, nada es posible contribuir a tales debates; descontadas las palabras compuestas y las derivaciones, todos los idiomas del mundo son igualmente inexpresivos. En el idioma universal que ideó Wilkins al promediar el siglo XVII, cada palabra se define a si misma. Descartes, en una epístola fechada en noviembre de 1629, ya había anotado que mediante el sistema decimal de numeración, podemos aprender en un solo día a nombrar todas las cantidades hasta el infinito y a escribirlas en un idioma nuevo que es el de los guarismos; tambien había propuesto la formación de un idioma análogo, general, que organizara y abarcara todos los pensamientos humanos. John Wilkins, hacia 1664, acometió esa empresa.
Dividió el universo en cuarenta categorías o géneros, subdivisibles luego en diferencias, subdivisibles a su vez en especies. Asignó a cada género un monosílabo de dos letras; a cada diferencia, una consonante; a cada especie, una vocal. Por ejemplo: de, quiere decir elemento; deb, el primero de los elementos, el fuego; deba, una porción del elemento del fuego, una llama. En el idioma análogo de Letellier (1850) a, quiere decir animal; ab, mamifero; abo, carnívoro; aboj, felino; aboje, gato; abi, herbívoro abiv, equino; etc. En el de Bonifacio Sotos Ochando (1845), imaba, quiere decir edificio; imaca, serrallo; imafe, hospital; imafo, lazareto; imarri, casa; imaru, quinta; imedo, poste; imede, pilar; imego, suelo; imela, techo; imogo, ventana; bire, encuadernador; birer, encuadernar (debo este último censo a un libro impreso en Buenos Aires en 1886: El curso de la lengua universal, del doctor Pedro Mata).
Las palabras del idioma analítico de John Wilkins no son torpes símbolos arbitrarios; cada una de las letras que las integran es significativa, como lo fueron las de la Sagrada Escritura para los cabalistas. Ya definido el procedimiento de Wilkins, falta examinar un problema de imposible o de dificil postergación: el valor de la tabla cuadragesimal que es base del idioma. Consideremos la octava categoría, la de las piedras. Wilkins las divide en comúnes (pedernal, cascajo, pizarra), módicas (marmol, ambar, coral), preciosas (perla, ópalo), transparentes (amatista, zafiro) e insolubles (hulla, greda y arsenico). Casi tan alarmante como la octava, es la novena categoría. Esta nos revela que los metales pueden ser imperfectos (bermellon, azogue), artificiales (bronce, laton), recrementicios (limaduras, herrumbre) y naturales (oro, estaño, cobre). La belleza figura en la categoría decimosexta; es un pez vivíparo oblongo. Esas ambiguedades, redundancias y deficiencias recuerdan las que el doctor Franz Kuhn atribuye a cierta enciclopedia china que se titula Emporio Celestial de Conocimientos Benévolos. En sus remotas páginas está escrito que los animales se dividen en (a) pertenecientes al emperador, (b) embalsamados, (c) amaestrados, (d) lechones, (e) sirenas, (f) fabulosos, (g) perros sueltos, (h) incluidos en esta clasificacion, (i) que se agitan como locos, (j) innumerables, (k) dibujados con un pincel finísimo de pelo de camello, (l) etcétera, (m) que acaban de romper el jarrón, (n) que de lejos parecen moscas. El Instituto Bibliográfico de Bruselas también ejerce el caos: ha parcelado el universo en 1000 subdivisiones, de las cuales la 262 corresponde al Papa; la 282, a la Iglesia Católica Romana; la 263, al Día del Señor; la 268, a las escuelas dominicales; la 298, al mormonismo, y la 294, al brahmanismo, budismo, shintoismo y taoismo. No rehusa las subdivisiones heterogéneas, verbigracia la 179: "Crueldad con los animales. Proteccion de los animales. El duelo y el suicidio desde el punto de vista de la moral. Vicios y defectos varios. Virtudes y cualidades varias".

He registrado las arbitrariedades de Wilkins, del desconocido (o apócrifo) enciclopedista chino y del Instituto Bibliográfico de Bruselas; notoriamente no hay clasificación del universo que no sea arbitraria y conjetural. La razon es muy simple: no sabemos que cosa es el universo.

Lectura para el tema de reloj molecular

The Modern Molecular Clock

viernes, 5 de septiembre de 2014

Presentación de libro


Gráficas de Deriva Génica


Este es el link para bajar el ejercicio. Si no le pueden dar click, cópienlo y péguenlo en la ventana de direcciones de su navegador

https://www.dropbox.com/s/9303ak5ph999tew/graficasDerivaGenica.doc?dl=0

jueves, 21 de agosto de 2014

Temario del curso

SEPTIMO SEMESTRE

EVOLUCIÓN I

CLAVE: 1601                                                 MODALIDAD: Asignatura Obligatoria
SEXTO SEMESTRE                                      Área: Biología Evolutiva
CRÉDITOS: 10                                              REQUISITOS: Biología de Procariontes, Biología de Hongos, Biología de Protistas y Algas, Ecología I, Sistemática I, Genética I, Plantas I, II, III, Animales I, II, III, Bioestadística, Biología Molecular de la Célula I

HORAS POR CLASE                        TEÓRICAS: 1                        TEÓRICO-PRÁCTICAS: 1
HORAS POR SEMANA                   TEÓRICAS: 4            TEÓRICO-PRÁCTICAS: 2
HORAS POR SEMESTRE                TEÓRICAS 43           TEÓRICO-PRÁCTICAS: 21

OBJETIVOS GENERALES
Que el alumno comprenda los conceptos de la teoría evolutiva
Que el alumno aprenda a analizar y conozca patrones de la evolución biológica
Que el alumno aprenda metodologías para probar hipótesis evolutivas

METODOLOGÍA DE LA ENSEÑANZA:
Curso teórico-práctico. Lecturas, seminarios, uso de computadoras y discusión en clase.

EVALUACIÓN DEL CURSO:
3 exámenes de teoría
Lecturas recomendadas por el professor
Prácticas en computadora y ejercicios


Introducción (3 hrs)
Objetivos: Que el alumno conozca el concepto de evolución y las evidencias de la evolución biológica.
Introducción histórica
Evidencias de la evolución

La variación (3 hrs)
Objetivos: Que el alumno comprenda el origen y las características de la variación genética y conozca las herramientas metodológicas para su análisis.
El origen y el análisis de la variación
La estimación de la variación
Los patrones de la variación


Las poblaciones en equilibrio (2 hrs)
Objetivos: Que el alumno comprenda la dinámica de la herencia mendeliana y analice la significancia de las desviaciones al modelo nulo en el nivel de poblaciones.
El principio de Hardy-Weinberg

Los procesos evolutivos en las poblaciones (14 hrs)
Objetivos: Que el alumno comprenda las causas, los efectos y los modelos que describen los procesos evolutivos que afectan a la variación genética dentro y entre poblaciones.
La mutación
La deriva génica
La endogamia
La migración
La selección natural

La adaptación (8 hrs)
Objetivos: Que el alumno analice los patrones biológicos resultantes del proceso de selección natural y conozca metodologías para probar hipótesis adaptativas.
Qué es la adaptación
Cómo se estudia la adaptación (métodos comparativo, experimental y observacional)
La coevolución
La selección sexual
La evolución de la conducta

La evolución fenotípica (5 hrs)
Objetivos: Que el alumno conozca los componentes de la variación fenotípica y las herramientas metodológicas para su análisis.
Desequilibrio de ligamiento
La heredabilidad y la respuesta a la selección
Selección en poblaciones naturales


La evolución molecular (7 hrs)
Objetivos: Que el alumno comprenda los conceptos teóricos y conozca los métodos de análisis de la evolución molecular y genómica
La teoría neutral de evolución molecular
Coalescencia
El origen de nuevos genes
La genómica evolutiva

Los conceptos de especie y los procesos de especiación (6 hrs)
Objetivos: Que el alumno analice los conceptos de especie y conozca los modelos de especiación
Los conceptos de especie
Los modelos geográficos
Los modelos genéticos

La evolución y la filogenia (6 hrs)
Objetivos: Que el alumno aprenda el uso y la interpretación de las filogenias como herramientas de la biología evolutiva.
La interpretación de las filogenias
El uso de las filogenias

La macroevolución (10 hrs)
Objetivos: Que el alumno conozca los procesos y analice los patrones de la macroevolución
La teoría del equilibrio puntuado
La evolución del desarrollo
La extinción y la diversificación


BIBLIOGRAFÍA BÁSICA:

     Brooks, D.R. y D.A. McLennan. 1991. Phylogeny, Ecology and Behavior. University of Chicago Press, Chicago.
     Freeman, S. and Herron, J. C. 2003. Evolutionary Analysis. Prentice Hall.
     Futuyma, D. 2005. Evolution. Sinauer Associates. Sundeland Massachusetts.
     Gould, S.J. 2000. The Structure of Evolutionary Theory. Belknap Press of Harvard University Press.
     Hartl, D.L. y A.G. Clark. 2007. Principles of Population Genetics (4a ed.). Sinauer Associates, Sunderland, Mass.
     Hedrick, P.W. 2005. Genetics of Populations. (3rd ed.) Jones and Bartlett.
     Li, W.H. y D. Graur. 2000. Fundamentals of Molecular Evolution. 2a edición. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
     Li, W-H. 1997. Molecular Evolution. SinauerAssociates, Sunderland Massachusetts.
     Maynard-Smith, J. 1998. Evolutionary Genetics (2nd ed.). Oxford University Press.
     Nei, M. and Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press.
     Page. R.D.M. and Holms, E.C. 1998. Molecular Evolution: a Phylogenetic Approach. Blackwell Science.
     Ridley, M. 2003. Evolution. 3a edición. Blackwell Publishing, Incorporated. MA, USA.
     Ridley, M. (ed). 2004. Evolution. 2a edición. Oxford Readers Press, USA.
     Strickberger, M. 2000. Evolution. 3a. edición. Jones & Bartlett Pub.
     Templeton, A. 2006. Population Genetics and Evolutionary Theory. John Wiley and Sons Inc. Hoboken, New Jersey.

BIBLIOGRAFÍA COMPLEMENTARIA

     Bell, G. 1997. The Basics of Selection. Chapman and Hall Press.
     Darwin, C. 1859. On the Origin of Species by Means of Natural Selection. London: Murray.
     Eldredge, N. 1985. Unfinished Synthesis: Biological Hierarchies and Modern Evolutionary Thought. Oxford University Press. New York.
     Falconer, D.S. 1981. Introduction to Quantitative Genetics. Longman, London.
     Forey, P.L., Humphries, C.J., Kitching, I.L., Scotland, R.W., Siebert, D.J. y D.M. Williams. Cladistics. A practical course in systematics. The systematics association publication No, 10. Clarendon Press, Oxford.
     Gillespie, J. 2004. Population Genetics. A concise guide (2a ed.). The John Hopkins University Press. Baltimore, Maryland.
     Gould, S. J. 2004. La estructura de la teoría de la evolución: El gran debate de las ciencias de la vida. Tusquets Editores. Barcelona.
     Hein, J, M. H. Schierup y C. Wiuf. 2005. Gene Genealogies, Variation and Evolution. A primer in coalescent theory. Oxford Univerity Press. Oxford.
     Kauffman, S. 1993. The Origins of Order: Self-Organization and Selection in Evolution. Oxford University Press, USA.
     Maynard-Smith, J. 1989. Evolutionary Genetics. Oxford University Press, New York.
     Mayr, E. & W.B. Provine. 1980. The Evolutionary Synthesis. Harvard University Press, Cambridge, Massachusetts.
     Milkman, R. 1982. Perspectives on Evolution. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
     Nei, M. & R.K. Koehn (eds). 1983. Evolution of Genes and Proteins. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
     Núñez-Farfán J. y L.E. Eguiarte (eds.) 1999. La evolución biológica. UNAM, CONABIO, México.
     Núñez-Farfán, J. y C. Cordero (eds.) 1993. Tópicos de Biología evolutiva. UNAM, México.
     Sober, E. 1988. Reconstructing the Past, Parsimony, Evolution and Inference. MIT Press, London.
     Solé, R.V., Goodwin, B. y R. Solé. 2002. Signs of Life: How Complexity Pervades Biology HarperCollins Publishers.
     Tudge, C. 2000. The Variety of Life. Oxford University Press.
     Williams, G.C. 1992. Natural Selection: Domains, Levels, and Challenges. Oxford University Press, New York.


viernes, 15 de agosto de 2014

Este trabajo se publico en Nature hace unos días, nos servirá para clases y discusiones posteriores. Cuando puedan léanlo!


Historical contingency and its biophysical basis in glucocorticoid receptor evolution
Nature 512, 203–207 (14 August 2014) doi:10.1038/nature13410

martes, 12 de agosto de 2014

El artículo lo pueden encontrar directamente en el sitio de la revista:  

http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00114-004-0515-y

Desde la UNAM tienen acceso al PDF.


 Naturwissenschaften

martes, 5 de agosto de 2014

viernes, 1 de agosto de 2014

Evolución I, Séptimo Semestre
2014-2  2015-1 

Grupo 5724
ma  9 a 11 004
ju  9 a 11 103 (Yelizcalli)
 9 a 11 S5

Profesor Alejandra Vázquez Lobo Yurén
Profesor Arturo Carlos ll Becerra Bracho